Nome: Seminários de pesquisa II
Ementa: A disciplina consiste em um ciclo semanal de seminários ministrados por professores/pesquisadores da pós-graduação ou convidados externos. Serão apresentados topicos relativos às pesquisas recentes em áreas relativas a nanobiossistemas.
Bibliografia: Artigos científicos
Nome: Toxicologia Ambiental
Carga Horária: 30
Ementa: Introdução a toxicologia ambiental: conceito e termos utilizados. Principais fontes de produtos tóxicos e seus efeitos. Efeitos em diferentes organismos: conceitos e metodologias para determinação de toxicidade aguda e crônica. Interação de poluentes ou biotoxinas com a biota: bioacumulação, biotransformação, biomagnificação, biodegradação, destoxificação e eliminação. Organismos como indicadores de qualidadeambiental, biomonitores, bioindicadores e biomarcadores de contaminantes. Avaliação derisco ecológico e para populações humanas.
Bibliografia:
Williams, P.L. James, R.C. Roberts, S.M. Principles of Toxicology Environmental and Industry applications —2nd ed. John Wiley & Sons, Inc.,2. Baird, C. Cann, M. Quimica Ambiental. Edição 4. Bookman. 2011
Nome da disciplina: Fronteiras em Biologia Celular
Carga Horária: 90h
Ementa: Temas mais atuais em Biologia Celular buscando relacionar estrutura e função das organelas e estruturas que constituem as células eucarióticas. Muito além dos conceitos básicos: Membranas biológicas: estrutura e composição; fluidez de membranas; transporte através de membranas; receptores; sinalização celular; mecanismos de comunicação celular; citoesqueleto; mitocôndria;retículo endoplasmático; complexo Golgi; endocitose; núcleo interfásico; divisão celular e controle do ciclo celular; autofagia; morte celular; corpos lipídicos; sítios de contato entre organelas.
Bibliografia: 1- Livro texto base: Molecular Biology of the Cell, 6th Edition, Ed. Galand Science. Authors: Bruce Alberts; Alexander Johnson; Julian Lewis; David Morgan; Martin Raff; Keith Roberts; Peter Walter. 2- Artigos científicos selecionados e indicados pelo professor.
Nome da disciplina: Biologia de Sistemas
Pré-requisitos: Conhecimentos básicos de cálculo. Conhecimentos básicos de biologia molecular e celular. Domínio de uma linguagem de programação (e.g. Python, R, MATLAB)
Carga Horária: 45h
Ementa:
Parte I - Conceitos básicos - 1 - Introdução à Biologia de Sistemas;2 - Modelos booleanos; 3 - Modelos baseados em equações diferenciais; 4 - Simulação estocástica; Parte II - Modelagem de redes e integração de modelos 5 - Redes em biologia de sistemas; 6 - Redes de transcrição gênica; 7 - Redes metabólicas; 8 - Redes de sinalização; 9 - Modelos Integrados; Parte III- Estudos de casos 10 - Biologia de sistemas do câncer; 11 - Biologia de sistemas da COVID-19. 9
Bibliografia: 1 - Da Silva, F. A. B., Carels, N., & Junior, F. P. S. (Eds.). (2018). Theoretical and Applied Aspects of Systems Biology (Vol. 27). Springer Nature. 2 - Da Silva, F. A. B., Carels, N., dos Santos, M. T., & Lopes, F. J. P. (Eds.). (2020). Networks in Systems Biology: Applications for Disease Modeling (Vol. 32). Springer Nature. 3 –
Nome da disciplina: Desafios e soluções na nanometrização de sistemas eletromagnéticas
Carga Horária: 30h
A miniaturização de circuítos elétricos continua sendo um dos desafios maiores da nanotecnologia. Avanços em fotolitografia e no crescimento de monocristais, levam a uma melhora de circuítos integrados, conhecido como a lei de Moore. Essa eletrônica serve principalmente para processóres. Não ajuda na criação de energia, transporte elétrico e outros desafios. Indutores e capacitores no momento não são miniaturizável. Recentemente, o avanço em materiais topológicas e o entendimento de eletromagnetismo emergente mostra uma nova rota para novos dispositivos indutores e capacitores nanométricos. Essa disciplina tem como objetivo, mostrar e explicar essas rotas para os alunos.
Nome da disciplina:: Princípios biofarmacêuticos para o desenvolvimento de sistemas de liberação de fármacos
Carga Horária: 45h
Ementa:
Apresentar os princípios básicos de biofarmacotécnica e sistemas de liberação de fármacos. Apresentar os avanços na área de sistemas de liberação de fármacos, com perspectivas de mercado, formas farmacêuticas avançadas e mecanismos de avaliação.
Nome da disciplina:: Métodos teórico-computacionais em Física da Matéria Condensada aplicados a Nanomateriais
Pré-requisito: XNB702
Carga Horária: 15h Teórica 15h prática
Ementa:
Introdução ao método DFT, eq. de Schrodinger para muitos corpos e eqs. de Hartree-Fock, teoremas de Hohenberg-Kohn e eqs. de Kohn-Sham, aspectos básicos da DFT, aproximações LDA e GGA, ondas planas e espaço recíproco, introdução aos pseudopotenciais, spin, vibrações e forças de van der Waals (vdW). Parte Prática: Introdução aos comandos básicos em Linux, utilização básica do software Quantum Espresso, estrutura de equilíbrio de sistemas com poucos átomos, proprieades eletrônicas: bandas de energia e densidades de estados, fônons, propriedades magnéticas e forças de vdW.
Nome da disciplina:: Nanomateriais aplicados ao monitoramento e remediação da contaminação ambiental
Carga Horária: 30h
Ementa:
Módulo I - Introdução a poluição ambiental, seu histórico e relevância; características físico-químicas gerais de contaminantes; principais efeitos tóxicos e estimativas de risco a saúde; casos de estudo e monitoramento ambiental. Módulo II - Processos oxidativos avançados. Fotocatálise. Síntese de nanomateriais e controle de propriedades para aplicações em fotocatálise. Nanocompósitos, membranas, e sensores de poluentes. Módulo III
Nome da disciplina:: Estratégias para aplicação de nanoprodutos em saude e meio ambiente.
Carga Horária: 45h
Ementa:
Tipo de nanobioprodutos e biocompatibilidade. Toxicologia humana e ambiental no uso de nanoparticulas e nanoestruturas. Conceitos fundamentais de nanofarmácia e nanomedicina. Sistemas de encapsulamento e vetorização de fármacos e vacinas. Liberação controlada de medicamentos. Nanopartículas funcionalizadas. Vias de administração. Biodistribuição e biodisponibilidade. Tempo de meia vida. Nanopartículas termosensíveis e pH sensíveis. Controle de qualidade físico-químico-biológico. Micro-agulhas. Nanomplantes. Nanoemulsões.
Nome: Algoritmos e Estruturas de Dados
Ementa: Análise de Algoritmos: Corretude de algoritmos, Algoritmos eficientes, Modelos de computação para análise de algoritmos, Estimativa do tempo de processamento, Crescimento assintótico de funções, Notação assintótica, Medidas de complexidade, Técnicas de análise de algoritmos. Recursividade. Métodos de Ordenação. Estruturas de Dados: Elementares (listas, pilhas, filas). Árvores. Árvores de busca.
Bibliografia:
J Szwarcfiter, L. Marquezon (1994). Estruturas de Dados e Seus Algoritmos. Rio de Janeiro: LTC – Livros Técnicos e Científicos, 1994.
- H.Cormen, C. E. Leiserson, R. L. Rivest, C. Stein, Clifford (2009). Introduction to Algorithms (3rd ed.). MIT Press. ISBN 0-262-03384-4.
- Sedgewick, K. Wayne (2011). Algorithms (4th ed.), Addison-Wesley. ISBN-13-032157351X/9780321573512.
Nome: Caracterização de Nanomateriais e Sistemas Biologicos Nanoestruturados por Espalhamento de Raio-X (Saxs) e de Neutrons (Sans): 45h
Ementa: Aspectos teóricos: Princípios das teorias de espalhamento de Raio-X e de nêutrons à baixos ângulos (SAXS e SANS). Diferenças conceituas entre espalhamento de Raio-X e de nêutrons em baixos ângulos. Objetivos do uso do SAXS e SANS na investigação estrutural de nanomateriais e sistemas biológicos nanoestruturados. Informações sobre os projetos de construção do segundo síncrotron Brasileiro (SIRIUS) e da fonte de nêutrons Brasileira RMB. Caracterização nanoestrutural de materiais e sistemas biológicos por SAXS. Exemplo de curvas típicas de espalhamento de Raio-X em nanocompósitos, materiais monoliticos e filmes finos nanoestruturados, moléculas biológicas e polímeros em solução, proteínas, coloides. Apresentação dos principais modelos usados para determinação quantitativa da estrutura nanométrica desses sistemas por SAXS. Caracterização nanoestrutural de materiais e sistemas biológicos por SANS. Exemplo de curvas típicas de espalhamento de nêutrons em nanocompósitos, materiais monoliticos e filmes finos nanoestruturados, moléculas biológicas e polímeros em solução, proteínas, coloides. Apresentação dos principais modelos usados para determinação quantitativa da estrutura nanométrica desses sistemas por SANS.
Bibliografia:
Guinier A., Fournet G.: Small Angle Scattering of X-Rays, John Wiley & Sons, New York (1955).
Glatter O., Kratky O.: Small-Angle X-Ray Scattering, Academic Press, New-York (1982).
May R.P.: Neutron, X-Ray and Light Scattering: Introduction to an Investigative Tool for Colloidal and Polymeric Systems, North Holland, Amsterdam (1991).
Nome: Imunidade Inata
Ementa: Receptores de reconhecimento de padrões, mecanismos de sinalização de receptores de reconhecimento de padrões, ativação de leucócitos, mobilização da resposta inflamatória.
Bibliografia:
Imunologia Celular e Molecular, Abbas, 8a edição.
Nome: Nanodispositivos
Ementa: Introdução aos nanodispositivos, especialmente nanodispositivos semicondutores. Técnicas de fabricação de nanoestruturas, deposição em fase vapor (MBE, MOVPE, sputtering, PLAD, PE-CVD, LPE) deposição em fase liquida, eletrodeposição e sol-gel. Litografia ótica e eletrônica. Nanodispositivos eletrônicos e optoeletrônicos (laser, LED, células solares...) baseados em nanofios, pontos e poços quânticos; Microcavidades óticas; Cristais fotônicos; Dispositivos eletrônicos e optoeletrônicos baseados em nanotubos de carbono e grafeno, materiais orgânicos e híbridos orgânicos-inorgânicos. Nanobiosensores. Nanodispositivos para aplicações biológicas.
Bibliografia:
Materiais e dispositivos eletrônicos, S.M.Rezende (Editora Livraria da Fisica).
Nanoelectronics: nanowires, molecular electronics and nanodevices, K.Inewski (McGraw-Hill Education).
Nanotechnology: An introduction. Jeremy J.Ramsden (Elsevier)
Nome: Imunobiotecnologia
Ementa: Histórico, conceitos, descobertas mais relevantes, novas descobertas e futuro em Imunobiotecnologia. Ativadores e supressores do sistema imune. Emprego de nanopartículas para o sistema de entrega de biofármacos. Testes pré-clínicos e clínicos. Métodos de controle de qualidade de biofármacos. Aplicações da Biotecnologia em Imunoterapia e Biofármacos.
Bibliografia:
Safety of Biologics Therapy: Monoclonal Antibodies, Cytokines, Fusion Proteins, Hormones, Enzymes, Coagulation Proteins, Vaccines, Botulinum Toxins 1st ed. 2016 , by Brian A. Baldo . Springer.
Cytokines in the Treatment of Infectious Diseases: Options for the Modulation of Host Defense by BJ Kullberg and Yoshiyuki.Springer (6 Dec. 2012)
Ryu JI, Han MH, Cheong JH, Kim JM, Kim CH. Current update of adoptive
immunotherapy using cytokine-induced killer cells to eliminate malignant gliomas. Immunotherapy. 2017 Mar;9(5):411-421. doi: 10.2217/imt-2017-0003. PubMed PMID: 28357913.
Rao M, Valentini D, Dodoo E, Zumla A, Maeurer M. Anti-PD-1/PD-L1 therapy for infectious diseases: learning from the cancer paradigm. Int J Infect Dis. 2017 Mar;56:221-228. doi: 10.1016/j.ijid.2017.01.028. Epub 2017 Feb 2. Review. PubMed PMID: 28163164.
Catakovic K, Klieser E, Neureiter D, Geisberger R. T cell exhaustion: from pathophysiological basics to tumor immunotherapy. Cell Commun Signal. 2017 Jan 5;15(1):1. doi: 10.1186/s12964-016-0160-z. Review. PubMed PMID: 28073373; PubMed Central PMCID: PMC5225559.
Spiotto M, Fu YX, Weichselbaum RR. The intersection of radiotherapy and immunotherapy: mechanisms and clinical implications. Sci Immunol. 2016 Sep;1(3). pii: EAAG1266. doi: 10.1126/sciimmunol.aag1266. Epub 2016 Sep 30. PubMed PMID:28018989; PubMed Central PMCID: PMC5171206.
Bardhan K, Anagnostou T, Boussiotis VA. The PD1:PD-L1/2 Pathway from Discovery to Clinical Implementation. Front Immunol. 2016 Dec 12;7:550. doi:10.3389/fimmu.2016.00550. eCollection 2016 Dec 12. Review. PubMed PMID: 28018338;PubMed Central PMCID: PMC5149523.
Nome: Vacinologia: Atualidade e desafios
Ementa: O objetivo da disciplina é abordar o aspecto histórico do desenvolvimento das vacinas, a importância da vacinologia para o estudo da imunologia, as vacinas em uso na clinica e o desenvolvimento de novas vacinas e adjuvantes. A ênfase da disciplina estará no estudo dos mecanismos de proteção das vacinas em uso na clínica e em experimentação. Serão abordados: 1) as vacinas de primeira geração, segunda geração, terceira geração e quarta geração; 2) as vias de administração comparando as vacinas pelas vias de mucosa versus as vacinas pelas vias periféricas; 3) o mecanismo de indução de eficácia protetora contra vírus, bactérias, fungos, helmintos, protozoários, tumores, doenças autoimunes e alergia; 4) Sistemas de entrega de vacinas (nano e microparticulados); 5) adjuvantes; 6) mecanismo de indução de tolerância na mucosa; 7) Ensaios pré-clínicos e clínicos para o desenvolvimento de vacinas; 8) Controle de qualidade na produção de insumo de vacinas; 9) Requerimentos da Organização Mundial da Saúde, Ministério da Saúde e FDA para aprovação de vacinas para o uso em humanos; 10) os desafios atuais no desenvolvimento de vacinas.
Bibiografia:
Vaccine. Editora: Elsevier (ISBN: 9781416036111) - Quinta Edição. Autores: Stanley Flotkin, Walter Orenstein e Paul Offit.. Ano 2009. Livro texto.
Imunobiologia de Janeway. Editora: Artmed (ISBN-13:9788536320670, ISBN-10:8536320672) - Sétima Edição. Autores KENNETH MURPHY, PAUL TRAVERS, MARK WALPORT. Ano 2010. Livro texto.
Immunological mechanisms of vaccination. Pulendran B, Ahmed R. Nat Immunol. 2011 Jun;131(6):509-17. Revisão
Principles of vaccine design-Lessons from nature. Zepp F. Vaccine. 2010 Aug 31;28. Revisão.
Ensuring the optimal safety of licensed vaccines: a perspective of the vaccine research, development, and manufacturing companies. Kanesa-thasan N, Shaw A, Stoddard JJ, Vernon TM. Pediatrics. 2011 May;127 Suppl 1:S16-22. Epub 2011 Apr 18. Revisão
Artigos científicos recentes.
Nome: Computação evolucionista aplicada à biologia molecular
Ementa: Introdução aos principais problemas de otimização da Biologia Molecular: predição de estrutura de proteínas; docking molecular; outros problemas. Modelagem e solução dos principais problemas da Biologia Molecular através de Algoritmos Genéticos. Tópicos avançados em Computação Evolucionista: Técnicas de Nichos; Otimização Multi-objetivo; Modelos paralelos de Algoritmos Genéticos; outras técnicas da Computação Evolucionista.
Bibliografia:
A.E. Eiben & J.E. Smith,Introduction to Evolutionary Computing, Springer, 2003 e 2007.
- Michalewicz, Genetic Algorithms and Data Structures - Evolution Programs, Springer Verlag, 3rd Edition, 1996.
D.E. Goldberg, Genetic Algorithms in Search, Optimization and Machine Learning, Addison-Wesley, 1989.
Artigos recentes na área
Nome: Redes complexas aplicadas à regulação gênica e sinalização celular
Ementa: Formulação vetorial de rede de reações. Lei de ação das massas. Cinética de reações. Estados estacionários. Estabilidade. Frentes de onda. Regulação gênica e sinalização celular. Formação de padrões.
Bibliografia:
J.D. Murray, Mathematical Biology. Springer-Verlag, 3rd ed. in 2 vols.: Mathematical Biology: I. An Introduction, 2002. Mathematical Biology: II. Spatial Models and Biomedical Applications, 2003.
Rüdiger Seydel. Practical Bifurcation and Stability Analysis. 3rd Ed. In Interdisciplinary Applied Mathematics. V. 5. Editors S.S. Antman J.E. Marsden L. Sirovich. Springer Science. 2010.
Nome: Álgebra Linear
Ementa: Vetores em R2 e R3. Matrizes. Sistemas de Equações Lineares. Determinantes. Espaços Vetoriais. Transformações Lineares. Autovalores e Autovetores. Fatoração de Matrizes (LU, LDU, Cholesky, QR). Formas Lineares e Quadráticas. Matriz Positiva Definida. Teoria de Perturbações. Resolução Numérica de Sistemas de Equações Lineares (utilizando software de resolução dedicado ao cálculo numérico e visualização). Cálculo de Autovalores e Autovetores. Aplicações.
Bibliografia:
- L. Boldrini, S. I. R. Costa, V. L. Figueiredo e H. G. Wetzler, Álgebra Linear, 3a Edição. HARBRA, São Paulo, 1986.
- Steinbruch e P. Winterle, Álgebra Linear, 2a Edição. MCGRAW-HILL, São Paulo, 1987.
- J. Leon, Álgebra Linear com Aplicações, 4a Edição. LTC-Livros Técnicos e Científicos, Rio de Janeiro, 1999.
- Parga, Álgebra Linear Apiicada, 2a Edição. EDUR, Seropédica, 2006.
- C. Lay, Álgebra Linear e suas Aplicações, 2a Edição. LTC-Livros Técnicos e Científicos, Rio de Janeiro, 1999.
- Lawson, Álgebra Linear. Edgard Blücher, São Paulo, 1997.
- H. Edwards e D. E. Penney, Introdução à Álgebra Linear. Prentice-Hall do Brasil, Rio de Janeiro, 1998.
- Hoffman e R. Kunze, Álgebra Linear. Polígono-USP, São Paulo, 1971.
Nome: Processos fermentativos industriais
Ementa: 1. Introdução aos processos fermentativos ou biotecnológicos. 2. Isolamento e preservação de microrganismos. 3. Meios de cultivos industriais para microrganismos. 4. Agitação e aeração de processos fermentativos. 5. Cinética de crescimento microbiano. 6. Processos de fermentação em estado sólido.
Bibliografia:
Schmidell, W.; de Almeida Lima, U.; Aquarone, E,; Bornazi, W. Biotecnologia Industrial Vol. 2. Ed. Edgar Blücher Ltda, Brasil, 2001.
Quintero, R. Ingeniería Bioquímica. Teoría y aplicaciones. Ed. Alhambra. Universidad Mexicana. México DF. (1993).
Nome: Diagnóstico molecular de doenças infecciosas
Ementa: A disciplina tem caráter teórico-prático onde serão apresentados os conceitos básicos de biologia molecular e apresentação de metodologias moleculares para o diagnóstico clínico complementar de doenças infecciosas e parasitárias.
Bibliografia:
Rossetti, M.L.; Dornelles da Silva, C.M. & Rodrigues, J.J.S. Doenças Infecciosas – Diagnóstico Molecular. Guanabara Koogan, 2006.
Sambrook, J. & Russell, D.W. Molecular Cloning – A Laboratory Manual. 3rd Edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001.
Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K. & Walter, P. Molecular Biology of the Cell. Garland Science, 5 Edition, 2007
Nome: Nanosistemas lipídicos: formulação, produção e caracterização
Ementa: 1. Aspectos gerais dos nanosistemas carreadores de fármacos; 2. Nanosistemas lipídicos: histórico e escopo, tipos (microemulsões, nanoemulsões, lipossomas, nanopartículas sólidas, carreadores nanoestruturados, agregados lipideos-fármaco, híbridos lipídeopolímero); 3. Composição e estrutura; Técnicas de produção; 4. Caracterização; Estabilidade físico-química; 5. Aplicações e estudo de casos.
Bibliografia:
Shah R, Eldrigde D, Palombo E, Harding I. Lipid Nanoparticles: Production, Characterization and Stability. SpringerBriefs in Pharmaceutical Science & Drug Development. 2015.
Stubenrauch C. Microemulsions: background, new concepts, applications, perspectives, 1st ed. Blackwell Publishing Ltd. 2009.
Gregoriadis G. Liposome Technology, third edition, CRC press, 2006.
Reviews e Artigos indexados em bases de dados.
Nome: Docência no Ensino Superior
Carga horária: 30 horas
Ementa:
Histórico do Sistema Universitário Brasileiro; A prática da docência no Ensino Superior; Saberes e competências do docente; A prática reflexiva e crítica da docência; A construção do conhecimento: ensinar e aprender; Metodologias e didática na prática docente: preparação, ministração e avaliação do processo de aprendizagem; Peculiaridades do ensino e da formação técnico/profissional; Legislação do Ensino Superior no Brasil;
Bibliografia:
Artigos atuais de reflexões sobre a prática docente no ensino superior.
Barbosa JRA. Didática do Ensino Superior. Curitiba: IESDE Brasil S.A. 2009, 124p.
Castanha S & Castanha ME. Temas e textos em metodologia do ensino superior. Campinas: Papirus, 2001.
Cunha MI (org.). Trajetórias e lugares da docência universitária: da perspectiva individual ao espaço institucional. Araraquara/SP: Junqueira e Marins. 2010
Pimenta SG & Anastasiou LGC. Docência no ensino superior. 4ª ed. São Paulo: Cortez, 2010.
Silva MHA & Perez IL. Docência no Ensino Superior. Curitiba: IESDE Brasil S.A. 2009, 196p;
Nome: Análise estrutural e termodinâmica de proteínas
Carga horária: 30 horas
Ementa: Estrutura de proteínas e enovelamento proteico; espectroscopia de absorção de proteínas; espectroscopia de emissão de fluorescência; dicroísmo linear e circular; determinação de parâmetros físico-químicos de proteínas; termodinâmica de proteínas; termodinâmica do enovelamento proteico; desnaturação de proteínas por agentes desnaturantes químicos e físicos; calorimetria aplicada ao estudo de enovelamento proteico e interação proteína-ligante.
Bibliografia:
Kensal E van Holde, Curtis Johnson, Pui Shing Ho, Principles of Physical Biochemistry, Prentice Hall, New Jersey, 2nd ed., 752 pp., 2005.
Kenneth P.Murphy (Ed.), Protein Structure, Stability and Folding (Methods in Molecular Biology), Human Press, New York. 1st ed., 264 pp., 2001.
Thomas E. Creighton, Protein Folding, W. H. Freeman & Co, New York; 1st ed., 547 pp., 1992.
Jack Kyte, Structure in Protein Chemistry, Garland Publishing, New York & London; 1st ed., 616 pp., 1995.
Aplicações Biotecnológicos em Cultura de Células
Carga horária: 45 horas
Ementa: Módulo I – Teórico:
1) Introdução laboratorial (Apresentação da Estrutura laboratorial de Setores de Cultivo de Células; Biossegurança em cultura de células)
2) Controle de Qualidade em Cultura de Células (Uso de EPIs equipamentos de proteção individual; Preparo de soluções; Lavagem e esterilização de materiais; Limpeza da Sala de Cultura de Células)
3) Procedimentos em Cultura de Células (Cultivo de Células; Linhagens celulares de uso biotecnológico; Manutenção de Linhagens Celulares; Bioensaios Farmacêuticos para desenvolvimento de fármacos utilizando cultura de células)
Módulo II – Prático
1) Controle de Qualidade em Cultura de Células (Preparo de soluções; Lavagem e esterilização de materiais; Limpeza da Sala de Cultura de Células)
2) Procedimentos em Cultura de Células (Cultivo de Células de uso biotecnológicos; Manutenção de Linhagens Celulares; Cultivo de células bacterianas e parasitárias; Modelos microbianos para screening de candidatos a fármacos)
3) Bioensaios Farmacêuticos (Aplicação de cultura de células para o desenvolvimento de fármacos antitumorais; Avaliação de citotoxicidade de candidatos a fármacos; Modelos Celulares para permeação de fármacos)
Bibliografia:
De ROBERTIS; De ROBERTIS JR. Bases da biologia celular e molecular. 4. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2006.
ALBERTS, B. et. al. Biologia molecular da célula. 5. ed. Porto Alegre: Artmed, 2010.
KARP, G. Biologia celular e molecular: conceitos e experimentos. São Paulo: Manole, 2005.
BOLSOVER, S. R. et. al. Biologia celular. 2.ed. Guanabara Koogan, , 2005.
LODISH, H. Molecular cell biology. 5. ed. New Yor. USA. Freeman and Company, 2005.
WALSH, 2007. Pharmaceutical biotechnology: concepts and applications. John Wiley & Sons Ltd.
CASTILHO, L.R. Tecnologia de Cultivo de Células Animais: de Biofármacos a Terapia Gênica - Editora Roca.
Nome: Validação e controle de qualidade dos métodos de diagnóstico laboratorial
Ementa: 1. Conceitos de validação e terminologia (Sensibilidade, especificidade, linearidade, valores normais, intervalo de confiança, reprodutibilidade, limiares de reatividade); 2. Conceitos de controle de qualidade laboratorial e terminologia (controle interno, controle externo, auditorias); 3. Validação e otimização de procedimentos; 4. Efeito matriz e arraste;5. Controles positivos e negativos; 6. Marcadores preditivos; 7. Testes qualitativos, quantitativos e semi-quantitativos; 8. Sistemas de automação; 9. Legislação nacional e internacional para registro.
Bibliografia:
BRASIL. Resolução n.899, de 29 de maio de 2003. Diário Oficial da União, Brasília, 02 de junho de 2003. Seção 1. Guia para validação de métodos analíticos e bioanalíticos. 2003b.
ANVISA, Habilitação de Laboratórios Analíticos em saúde – segundo os requisitos da ISO/IEC, 2002.
Richard A. McPherson, Matthew R. Pincus. Henry's Clinical Diagnosis and Management by Laboratory Methods. 22 edition – Saunders, 2011.
Douglas A. Skoog, F. James Holler, Stanley R. Crouch. Principles of Instrumental Analysis. 6 edition - Brooks Cole, 2006.
Thomas B. Newman, Michael A. Kohn. Evidence-Based Diagnosis. Cambridge University Press, 2009.
J André Knottnerus. The evidence base of clinical diagnosis. BMJ Books, 2002.
Artigos científicos nos periódicos:Archives of Pathology & Laboratory Medicine;
Annals of Laboratory Medicine; Research & Reviews; Journal of Medical Science & Technology; The Journal of molecular diagnostics; Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial.
Nome: Aplicações biotecnológicas em cultura de células
Ementa: Módulo I – Teórico: 1) Introdução laboratorial , a. Apresentação da Estrutura laboratorial de Setores de Cultivo de Células, b. Biossegurança em cultura de células; 2) Controle de Qualidade em Cultura de Células, a.Uso de EPIs (equipamentos de proteção individual), b. Preparo de soluções, c.Lavagem e esterilização de materiais, d. Limpeza da Sala de Cultura de Células; 3) Procedimentos em Cultura de Células, a. Cultivo de Células, b. Linhagens celulares de uso biotecnológico, c. Manutenção de Linhagens Celulares, d. Bioensaios Farmacêuticos para desenvolvimento de fármacos utilizando cultura de células.
Módulo II – Prático: 1) Controle de Qualidade em Cultura de Células, a.
Preparo de soluções, b. Lavagem e esterilização de materiais, c.Limpeza da Sala de Cultura de Células; 2) Procedimentos em Cultura de Células, a.
Cultivo de Células de uso biotecnológicos, b. Manutenção de Linhagens Celulares, c. Cultivo de células bacterianas e parasitárias, d. Modelos microbianos para screening de candidatos a fármacos, 3) Bioensaios Farmacêuticos, a. Aplicação de cultura de células para o desenvolvimento de fármacos antitumorais, b. Avaliação de citotoxicidade de candidatos a fármacos, c. Modelos Celulares para permeação de fármacos.
Bibliografia:
De ROBERTIS; De ROBERTIS JR. Bases da biologia celular e molecular. 4. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2006.
ALBERTS, B. et. al. Biologia molecular da célula. 5. ed. Porto Alegre: Artmed, 2010.
KARP, G. Biologia celular e molecular: conceitos e experimentos. São Paulo: Manole, 2005.
BOLSOVER, S. R. et. al. Biologia celular. 2.ed. Guanabara Koogan, , 2005.
LODISH, H. Molecular cell biology. 5. ed. New Yor. USA. Freeman and Company, 2005.
WALSH, 2007. Pharmaceutical biotechnology: concepts and applications. John Wiley & Sons Ltd.
CASTILHO, L.R. Tecnologia de Cultivo de Células Animais: de Biofármacos a Terapia Gênica - Editora Roca.
Nome: Técnicas de análises de superfícies
Profa: Joyce Rodrigues de Araujo (Inmetro)
Ementa: Aulas teóricas, 1- Estrutura das superfícies e interfaces. a. Conceitos básicos de ultra-alto vácuo. b. Fundamentos do processo de sputtering.c. Fundamentos da Espectroscopia de fotoelétrons excitados por raios-X.d. Fundamentos da Espectroscopia Auger.e. Perfil de profundidade.f. Análise química por espectroscopia de fotoelétrons. g.Aplicações e estudos de caso. Aulas experimentais: a. Espectroscopia de fotoelétrons excitados por raios-X.b. Espectroscopia Auger.c. Perfil de profundidade. d. Tratamento de dados.
Bibliografia:
LC Feldman, Fundamentals of surface and thin film analysis, JW Mayer - North Holland, Elsevier Science Publishers, 1986.
D Briggs e JC Riviere in: Practical Surface Analysis by Auger and X- ray Photoelectron Spectroscopy, D. Briggs, M.P. Seah (Eds.), Wiley, Chichester, 1983.
Nome: Espectroscopia atômica e molecular
Prof: Erlon Henrique Martins Ferreira (Inmetro)
Ementa:
Teoria: Conceitos Básicos, Espectros Atômicos, Moléculas diatômicas,Rotação e vibração de moléculas diatômicas, Espectro eletrônico de moléculas diatômicas, Rudimentos de teoria de grupo, Espectros de rotação de moléculas poliatômicas, Espectros de vibração de moléculas poliatômicas, Espectroscopia de UV-Visível, Espectroscopia de Infravermelho, Espectroscopia Raman.
Prática: Experimentos de espectroscopia de UV-Visível, Experimentos de espectroscopia de Infravermelho, Experimentos de espectroscopia Raman, Tratamento de dados, Técnicas estatísticas de análise de dados.
Bibliografia:
- I. Steinfeld, Molecules and Radiation: An introduction to modern molecular spectroscopy,1985.
- Herzberg, Atomic spectra and atomic structure, 2010
- Herzberg, Molecular spectra and molecular structure I and II ( Infrared and Raman spectra of polyatomic molecules).
John R. Ferraro, Kazuo Nakamoto and Chris W. Brown, Introductory Raman Spectroscopy, 2003
Derek A. Long, The Raman Effect: A Unified Treatment of the Theory of Raman Scattering by Molecules, 2002
Pavel Matousek, Michael D. Morris (Editors), Emerging Raman Applications and Techniques in Biomedical and Pharmaceutical Fields, 2010
Nome: Filmes finos nanoestruturados
Carlos Alberto Achete
Ementa: Fundamentos de alto e ultra alto vácuo, produção, medidores, detecção de vazamento e materiais. Preparação de filmes finos: técnicas de deposição baseadas em processos de vácuo e plasma. Fundamentos sobre processos de crescimento de filmes finos. Análise superficial e de filmes finos, espessura, propriedades estruturais, ópticas, eléctricas, mecânicas e magnéticas. Aplicações que se beneficiam da tecnologia de filme fino e filmes com nanoparticulas.
Bibliografia:
Editores artmut Frey and Hamid R Khan; Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2015
Nanostructured Thin Films and Surfaces, Editor Challa Kumar, John Wiley & Sons, 2010
Nome: Princípios em plasmônica e nano-óptica
Prof: Thiago de Lourenço e Vasconcelos (Inmetro)
Ementa: Conceitos de ressonância plasmônica, A função dielétrica: modelos de Drude-Sommerfeld (transições intrabanda) e Lorentz (transições interbandas), Poláriton de plasmon de superfície (SPP) em interface plana metal-dielétrico, Relação de dispersão de plasmon de superfície, Configurações de excitação de SPP, Ressonância de plasmon de superfície localizado (LSPR), Métodos computacionais aplicados ao estudo de LSPR, Aplicações de LSPR em nanotecnologias, Conceitos de Nano-óptica, O limite de resolução espacial, Microscopia óptica de campo próximo, Aplicações de LSPR em microscopia óptica de campo próximo.
Bibliografia:
Lukas Novotny and Bert Hecht, Principles of nano-optics, 2012, Cambridge University press.
Neil W. Ashcroft, N. David Mermin and Sergio Rodriguez, Solid state physics, 1976, Cengage Learning.
John David Jackson, Classical Electrodynamics, Third Edition, 1998, Wiley press.
Nome: Microscopia eletrônica
Prof: Bráulio Soares Archanjo (Inmetro)
Ementa: 1. Introdução: microscopia e noção de imagem; 2. Tipos de microscópios eletrônicos: varredura, transmissão, varredura em transmissão e feixe de íons focalizados;3. Ótica Eletrônica: Lentes magnéticas, fontes de elétrons, detectores; Interações elétron-matéria;4. Difração de elétrons: introdução; 5. Microscopia Eletrônica de Transmissão; 6. Microscopia de alta Resolução: (HRTEM); 7. Microscópio de varredura em transmissão (STEM);8. Preparação de amostra;9. Microscopia analítica: espectroscopia de raios X e de elétrons; 10. Aplicações avançadas e tendências atuais;11. Perspectivas.
Bibliografia:
Peter J. Goodhew, John Humphreys, Richard Beanland, Electron Microscopy and Analysis, Third Edition, 2000
David B. Williams C. Barry Carter Transmission Electron Microscopy: A Textbook for Materials Science, Edition 2; 2009
EGERTON, R. Physical Principles of Electron Microscopy: An Introduction to TEM, SEM, and AEM, 2005.
Nome: Introdução ao DNA e Proteínas
Prof. Marisa F. Nicolás e Laurent Dardenne
Ementa: Estrutura do DNA. Replicação. Transcrição e processamento. Estrutura de proteínas; Tradução e o código genético; Organização das regiões codificadoras do DNA; DNA / RNA, os procariotos e os eucariotos, transcrição e tradução; Organização das regiões não codificadoras do DNA repetições, CpG islands Técnicas genômicas;PCR, ESTs, BAC/YAC, cosmídeos, bibliotecas genômicas, chips DNA, mapas físicos e mapas genéticos; Técnicas de Bioinformática; breve história de sequenciamento de genomas; Aquisição e análise preliminar de dados, montagem de seqüências de DNA e análise de sequências de DNA; Proteínas; Estruturas primária, secundária, terciária e quaternária das proteínas; Proteínas classes e funções; Interação DNA/Proteína; Aplicação da bioinformática na proteômica (Análise da seqüência primária, estrutura secundária e terciária); Técnicas Proteômicas; Interações proteínas/proteínas
Bibliografia:
An Introduction to Genetic Analysis - Anthony J. F. Griffiths, Jeffrey H.Miller, David T. Suzuki, 7th edition, W H Freeman & Co, 2000.
Genes VII - Benjamin Lewin Hardcover, Oxford Univ Press, 1999.
Lehninger Principles of Biochemistry - David L. Nelson, Michael M.Cox Hardcover, Third Edition Worth Publishing, 2000.
Molecular Biology of the Cell - Bruce Alberts (Editor), Bray Alberts, 3rd Bk&cdr edition Garland Pub, 1999.
Molecular Cell Biology - Harvey Lodish, Arnold Berk, S. Lawrence Zipursky, Paul Matsudaira, David Baltimore, James Darnell, 4th edition W H Freeman & Co, 1999.
Nome: Introdução a biologia e evolução
Prof. Fabio Lima Custódio e Kary Ann Ocaña
Ementa: Sistemas biológicos; O que é vida?; Padrões e Processos em Biologia; Processos evolutivos; Seleção natural como propriedade emergente da vida; Mutação; Deriva gênica; Padrões biológicos; Origem da vida; Diversidade animal; Histórico; Darwin; Wallace; Mendel; Wright, Fisher & Haldane. Taxonomia; Objetivo; Classificações passadas; Classificação de Lineu; Filogenia; Hennig e a sistematica filogenética. Novas tendências (grupos monofiléticos, bar code); Análise filogenética; UPGMA e Máxima Parcimônia; Sistemática filogenética. Três eixos da análise comparativa: espaço, tempo e forma (biogeografia, registro fóssil e morfologia/molecular).
Bibliografia:
Evolution - Monroe Strickberger, 3ª edição, Jones & Bartlett, Londres.
Nome: Bioinformática I - Banco de dados do ponto de vista biológico
Prof. Ana Tereza R. Vasconcelos e Marisa F. Nicolás
Ementa: Breve histórico do Atlas de Proteínas de Dayhoff (1968) aos servidores da WEB. A variedade de atuais fontes de informações, tipos, formatos, métodos, tamanhos e distribuições. Os bancos de dados de seqüências de DNA e RNA; História do GenBank, EMBL, DDBJ, estudo e formato do GenBank/DDBJ e do EMBL; Filosofia dos Bancos de dados e sua redundância; Problemas de qualidades e heterogeneidade de anotações; Genomas completos; Os Bancos de Dados de seqüências de proteínas; Definição e descrição; Estudo de alguns bancos de proteínas: PIR, MIPS, SWISS-PROT, TrEMBL etc.;Bancos de seqüências não-redundantes; Breve discussão dos outros bancos de proteínas; Os bancos de dados de domínios e de famílias de proteínas. Definição e descrição; Estudo detalhado de alguns bancos: PROSITE, Pfam, PRINTS, PIRSF e BLOCKS. Bancos de dados de domínios automaticamente gerados: ProDom, DOMO; InterPro. Os bancos de dados proteômicos; Definição e descrição; Estudo detalhado do SWISS-2DPAGE. Os bancos de dados de estruturas tridimensionais; O banco PDB: Histórico e uma breve descrição de seu conteúdo; Os bancos de dados derivados do PDB (Swiss-3DIMAGE, HSSP, DSSP, FSSP, etc.); O banco de dados NDB; Os bancos de dados metabólicos; Definição e descrição; Estudo EcoCyc, KEGG, etc. Os bancos de dados de categorías funcionais; Definição e descrição;MEROPS, IntAct, PhosSuit, GlycoSiteDB, etc.; Os bancos de imagens biológicas; BioImage, Global Image Database; Os bancos de dados de genomas; Definição, descrição; Ecoli, FlyBase, SGD, AceDB etc. Os bancos de dados de mutações e polimorfismos; Definição e descrição; SNP (Single Nucleotide Polymorphisms); Os bancos de dados bibliográficos; Estudo detalhado do MEDLINE/ENTREZ.
Bibliografia:
Bioinformatics : A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins - Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette, John Wiley & Sons, 2001
Bioinformatics : Databases and Systems - Stanley Letovsky (Editor), Kluwer Academic publishers, 1999
Bioinformatics : Sequence, Structure, and Databanks : A Practical Approach - Des Higgins (Editor), Willie Taylor (Editor), 1st edition, Oxford Univ Press, 2000
Introduction to Bioinformatics - Teresa K.Attwood and David J.Parry-Smith, Addison Wesley Longman, 1999
Nome: Métodos de análise filogenética e filogenômica
Prof. Kary Ann Ocaña
Ementa: Introdução aos conceitos em evolução molecular. Introdução aos conceitos em filogenética e filogenômica. Métodos de distância. Métodos de máxima parcimônia. Métodos de máxima verossimilhança. Inferência Bayesiana. Principais softwares. Aplicações dos métodos de análise filogenética e filogenômica.
Bibliografia:
Freeman, S.; Herron, J. C. Análise Evolutiva, 4ª edição. Artmed Editora. 2009.
Futuyma, D.J. Evolutionary Biology, 3rd edition, Sinauer Associates, Inc. 1998.
Gibas, C; Jambeck, P. Developing Bioinformatics Computer Skills. Publisher: O'Reilly. ISBN: 1-56592-664-1. 2001.
Lemey, P.; Salemi, M.; Vandamme, A.-M. Phylogenetic Handbook. 2nd ed. Cambridge University Press, Cambridge. 2009.
Lesk, A. M. Introduction to Bioinformatics, third edition.
Oxford University Press, 2008.
Li W.H.; Graur, D. Fundamentals of molecular evolution. Sinauer Assoc. Inc. Publ: Sunderland MA. 1991.
Mount, D. W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2004. ISBN-10: 0879697121.
Nei, M.; Kumar, S. Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University, New York. 2000. 333p
Pevsner, J. Bioinformatics and Functional Genomics. Wiley-Blackwell. 2009. ISBN-10: 0470085851.
Ridley, M. Evolução, 3ª edição. Artmed Editora. 2006.
Sobell, M. G. Practical Guide to Linux Commands, Editors, and Shell Programming. 2009. ISBN 0131367366.
Nome: Métodos de otimização
Prof. Hélio Barbosa
Ementa: Definição do problema geral de programação não-linear; Condições de otimalidade para problemas com e sem restrições; Convexidade; Propriedades fundamentais de soluções e algoritmos; Algoritmos de busca linear; Métodos clássicos de descida; Métodos de penalização e barreira; e Métodos de busca direta (não são baseados em derivadas).
Bibliografia:
Nonlinear Programming, Theory and Algorithms. Bazaraa, M.S. e Shetty, C.M.. John Wiley and Sons, New York, 3th edition, 2006. Linear and Nonlinear Programming. David G. Luenberger & Yinyu Ye. Springer, 3th edition, 2008.
Numerical Optimization. Jorge Nocedal & Stephen J. Wright. Springer, 2sd edition, 2006.
The Mathematics of Nonlinear Programming. Anthony L. Peressini, Francis E. Sullivan, J.J Uhj, Jr. Springer, 1993.
Nome: Introdução à estrutura de proteínas e modelagem molecular
Prof. Laurent Dardenne
Ementa: Estrutura de proteínas: Código genético e biossíntese de proteínas. Propriedades físico-químicas de aminoácidos. Ligação peptídica e estrutura de proteínas. Classificação estrutural de proteínas. Banco de dados de estruturas de proteínas (PDB - "Protein Data Bank"). Visualização molecular.
Interações físicas entre átomos e moléculas. Propriedades físico-químicas da água. Efeito hidrofóbico. Campos de força clássicos. Modelos de água. Otimização de geometria molecular: método steepest-descent e método dos gradientes conjugados;
Modelagem comparativa de estruturas de proteínas utilizando a técnica de satisfação de restrições espaciais;
Introdução à técnica de dinâmica molecular: Algoritmos de Verlet, Leap-Frog e Beeman para integração das equações de movimento. Simulações com solvente não explícito e com representação explícita do solvente.
Bibliografia:
Andrew R. Leach – Molecular Modelling: Principles and Applications. Pearson-Prentice Hall
Creighton, T.E. - Proteins: Structures and Molecular Properties, W.H. Freeman and Company,
Brander, Carl e Tooze, John - Introduction to Protein Structure, Garland Inc, NY e London, 1991.
Brooks III, Charles L.; Karplus, Martin e Pettit, B.M. - Proteins: A Theoretical Perspective of Dynamics, Structure and Thermodynamics, Advances in Chemical Physics, Vol. LXXI, An Interscience Publication, Jonh Wiley & Sons, 1988.
Allen, M.P. e Tildesley, D.J. Computer Simulation of Liquids, Oxford University Press, 1989.
Voet, Donald e Voet, J.G. - Biochemistry, John Wiley & Sons, 1995.
Gerschel, Alain - Liaisons Intermoléculaires, Savoirs Actuels - InterÉditions/CNRS eds, 1995.
Fasman, G.B. - Prediction of Protein Structure and Principles of Protein Conformation, Plenum Press, NY, 1989.
Nome: Modelagem molecular de biomacromoléculas por dinâmica molecular
Prof. Laurent Dardenne
Ementa: Simulações de dinâmica molecular no ensemble NVT e NPT. Tratamento das interações eletrostáticas de longo alcance (soma de Ewald e PME). Cálculo de Energia Livre: perturbação termodinâmica, integração termodinâmica, crescimento lento. Preparação, monitoramento e análise de simulações de dinâmica molecular. Tópicos avançados envolvendo a técnica de dinâmica molecular.
Bibliografia:
Andrew R. Leach – Molecular Modelling: Principles and Applications. Pearson-Prentice Hall
Brooks III, Charles L.; Karplus, Martin e Pettit, B.M. - Proteins: A Theoretical Perspective of Dynamics, Structure and Thermodynamics, Advances in Chemical Physics, Vol. LXXI, An Interscience Publication, Jonh Wiley & Sons, 1988.
Allen, M.P. e Tildesley, D.J. Computer Simulation of Liquids, Oxford University Press, 1989.
Voet, Donald e Voet, J.G. - Biochemistry, John Wiley & Sons, 1995.
Nome: Estatística
Ementa: Teoria de Probabilidade para Uma Variável Aleatória; Teorema de Bayes; Distribuições de Probabilidades Discretas e Contínuas; Média, Variância e Momentos; Probabilidade Condicional; Teoria de Probabilidade para um Conjunto de Variáveis Aleatórias; Variáveis Independentes; Lei dos Grandes Números; Teorema do Limite Central; Covariância e Correlação; Distribuição Marginal e Distribuição Condicional; Valor Esperado; Inferência Estatística; Métodos Clássicos e Bayesianos de Estimação; Intervalo de Confiança; Hipóteses Nula e Alternativa; Erros Tipo I e II.; Testes de Hipóteses Paramétricos e Não Paramétricos; Estimação Paramétrica ; Método de Máxima Verossimilhança; Método dos Momentos; Método de Mínimos Quadrados; Processos Estocásticos; Processo de Poisson;Cadeias de Harkov.
Bibliografia:
Statistical Methods in Bioinformatics: An Introduction (Statistics for Biology and Health) - , 2a edição, Ed. SpringeP. L. Meyer.
Probabilidade: Aplicações à Estatística. Livros Técnicos e Científicos Editora, Rio de Janeiro, 2o edição, 1983.
Nome: Introdução a computação evolucionista
Prof. Hélio Barbosa
Ementa: Introdução geral; O algoritmo genético: Tipos de codificação, função aptidão. Esquemas de seleção, operadores, reprodução; Adaptação; Tratamento de restrições; Problemas multimodais; Problemas com múltiplos objetivos; Co-evolução; Algoritmos genéticos paralelos; Aplicações; Noções de programação genética; Introdução às estratégias evolutivas.
Bibliografia:
An Introduction to Genetic Algorithms - Mitchell, M., MIT Press, 1996 Genetic Algorithms and Data Structures - Evolution Programs - Michalewicz, Z., Springer Verlag, 3rd Edition, 1996.
Genetic Algorithms in Search, Optimization and Machine Learning - Goldberg, D.E., Addison-Wesley, 1989
Nome: Aprendizagem de Máquina e Reconhecimento de Padrões
Ementa: Conceito de dados e técnicas para preparação dos mesmos. Principais algoritmos supervisionados e não supervisionados de aprendizado de máquina. Aplicações em mineração de dados, especialmente em problemas de bioinformática. Métodos para medir similaridade e dissimilaridade. Modelos ocultos de Markov. Aprendizagem Estatística. Os Tipos de Aprendizagem. Elementos de um Problema de Aprendizagem. Erro e Ruído. Espaço de Hipóteses. Conflito entre Aproximação e Generalização. Teoria da Aprendizagem. Dimensão de Vapnik–Chervonenkis (VC). Cota Superior VC. Equilíbrio entre o Viés e a Variância de uma Aproximação. Seleção de Modelo. Excesso de Ajuste (overfitting). Regularização. Validação Cruzada.
Bibliografia:
Tan P. N., Steinbach M., Kumar V.. Introduction to Data Mining. Pearson, 2006.
Zaki, Mohammed J. and Meira-Jr, Wagner. Data Mining and Analysis: Fundamental Concepts and Algorithms. Cambridge University Press, 2014.
Witten I. H. Frank E. Hall M. A. Data mining: Practical Machine Learning Tools and Techniques. Third edition. Elsevier, 2011.
Marsland S. Machine Learning: An Algorithmic Perspective. Chapman & Hall/CRC, 2009.
Han J., Kamber M. Data Mining: Concepts and Techniques. Second edition. Elsevier, 2006.
Koski T. Hidden Markov Models for Bioinformatics. Kluwer Acad. Publ., 2001.
Eddy, Sean R. What is a hidden Markov model? Nature Biotechnology. 22, 1315-1316 (2004).
Learning From Data: A Short Course.Yaser S. Abu-Mostafa, Malik Magdon-Ismail e Hsuan-Tien Lin
Pattern Recognition and Machine Learning.Christopher M. Bishop
The Elements of Statistical Learning.Hastie, Tibshirani e Friedman
Nome: Elementos de processamento de imagens
Prof. Gilson Giraldi
Ementa: Conceitos Básicos, Dispositivos Gráficos 2D, Representações para imagens digitais. Métodos Matemáticos: Sistemas lineares Transformada de Fourier, Sinais aleatórios, Modelos Estocásticos para imagens, Teoria de Estimação, entropia e compressão de informação. Teoria de Cores. Amostragem e Quantização: Freqüência de Nyquist e Aliasing, Teorema de Amostragem e Reconstrução. Quantização de Imagens. Transformadas Discretas para imagens: Transformada Discreta de Fourier, Transformada Cosseno, Transformada KL. Realce e Filtragem de Imagens. Aquisição de Imagens e Restauração: Filtragem inversa e de Wiener. Segmentação e análise de Imagens
Bibliografia
A.K. Jain. Fundamentals of Digital Image Processing.Prentice Hall Information and Sciences Series, 1989.
R.C. Gonzalez. Digital image processing, Reading Addison-Wesley 1992.
- F. Rogers. Procedural Elements for Computer Graphics. McGraw-Hill International Editions , 1985.
- F. Rogers and J. A. Adams. Mathematical Elements for Computer Graphics. McGraw-Hill International Editions , Second Edition, 1990.
- D. Foley, A. Dam, S. K. Feiner, and J. F. Hughes. Computer Graphics, Principles and Practice, 2nd ed. Addison Wesley, 1990.
Nome: Computação quântica I
Prof. Renato Portugal
Ementa: Revisão de Álgebra Linear; espaço de Hilbert; operadores normais; teorema espectral; notação de Dirac da Álgebra Linear; elementos de mecânica quântica; conceito de qubit; postulados da mecânica quântica; portas lógicas quânticas; circuitos quânticos; registradores quânticos; portas quânticas universais; prova de universalidade; algoritmos quânticos de busca; algoritmo de contagem; prova de otimalidade do algoritmo de Grover; transformada de Fourier quântica; algoritmos de Deutsch; algoritmo de Shor; algoritmo de estimação de fase; elementos da teoria da complexidade computacional quântica.
Bibliografia:
Quantum Computation and Quantum Information. Michael A. Nielsen and Isaac L. Chuang, Cambridge University Press, Cambridge, 2000.
Quantum Information and Computation. Lecture Notes of J. Preskill.
Nome: Computação quântica II
Prof. Renato Portugal
Ementa: Operador de densidade; operador densidade reduzido; operações quânticas; ruídos quânticos; canais de inversão de bit e fase, canal de despolarização, canal de atenuação de amplitude e fase; distância traço; fidelidade; código de correção de erros; elementos de códigos lineares clássicos; códigos estabilizadores quânticos; computação tolerante a falhas; entropia de Von Neumann; elementos de teoria da informação quântica.
Bibliografia:
Quantum Computation and Quantum Information. Michael A. Nielsen and Isaac L. Chuang, Cambridge University Press, Cambridge, 2000
Quantum Information and Computation. Lecture Notes of J. Preskill.
Nome: Imunobiológicos I (Tópicos gerais de imunobiológicos)
Ementa: Na disciplina serão abordados os seguintes tópicos: Conhecimento gerais da área: Aspectos da introdução de imunobiológico e seus resultados práticos na biotecnologia; Bases imunológicas das imunizações profiláticas e terapêuticas; Estratégias no desenvolvimento de vacinas: vacinas recombinantes, vacinas de vetores virais e bacterianos, nanotecnologia no desenvolvimento de vacinas, vacinas de DNA; Estratégias no desenvolvimento de Biofármacos (anticorpos monoclonais terapêuticos , peptídeos e hormônios), Estratégias no desenvolvimento de kits de diagnóstico (Introdução ao diagnóstico molecular clínico e testes rápidos), Desenvolvimento clínico, não clínico de imunobiológicos e registro de produtos biofarmacêuticos, Política e regulação de imunobiológicos no Mundo; Produção industrial e mercado de imunobiológicos vacinas e Empreendedorismo no setor de imunobiológicos.
Bibliografias:
Imunobiologia - 7. Ed. / 2010 - (Livros) - Acervo 89617. JANEWAY, Charles A.; MURPHY, Kenneth; TRAVERS, Paul; WALPORT, Mark. ed. Porto Alegre: Artmed, 2010. 885 p. ISBN 9788536320670. Número de Chamada: 612.11822 I34 7. ed. (BC&T).
Epidemiology and Prevention of Vaccine-Preventable Diseases. William ATKINSON; Jennifer HAMBORSKY; Arch STANTON; Charles (Skip) WOLFE. Eds. 12º Ed., Centre for Disease Control and Prevention, 2012 http://www.cdc.gov/vaccines/pubs/pinkbook/index.html.
Vacinas, Soros & Imunizações no Brasil. BUSS, Paulo Marchiori; TEMPORÃO, José Gomes; CARVALHEIRO, José da Rocha. Eds. Rio de Janeiro: FIOCRUZ, 2005 420 p. ISBN 85-7541-060-1.
The Vaccine Book. BLOOM, Barry R.; LAMBERT, Paul-Henri. Eds. New York: Academic Press, 2003 436 p. ISBN 0-12-107258-4
ROGER, S. D. Biosimilars: how similar or dissimilar are they ? Volume 11. Nephrology, 2006. 341–346 p.
Angela Maria Moraes, Leda R. Castilho, Elisabeth de Fátima Pires Augusto. Tecnologia do cultivo de células animais: de biofármacos a terapia gênica. São Paulo Roca 2008. ISBN 857-241-730-3
Grody W W Molecular Diagnostics: Techniques and Applications for the Clinical Laboratory 1st Edition,Kindle Edition ISBN-13: 978-0123694287
Nome: Imunobiológicos II (Tópicos avançados em imunobiológicos)
Marco Alberto Medeiro
Ementa: Novas abordagens para descoberta de novas moléculas e desenvolvimento de produto: Microarray de proteína e Transcriptoma, Genomica funcional aplicadas a Vacinologia Reversa, Vacinas de RNA programáveis, Conhecimentos básicos de bioprocesso para produção e imunobiológicos: Plataformas de expressão e de purificação (upstream e downstream), Formulações (Liofilização, Adjuvantes, encapsulamento de antígenos), Vias de administração (injetável, nasal e oral), Desenvolvimento e caracterização de Banco de células
Nanotecnologias aplicadas ao desenvolvimento de imunobiológicos: Biosensores, Nanodiagnóstico, Nanopartículas para entrega e/ou apresentação de moléculas biológicas
Bibliografia:
artigos e revisões em periódicos internacionais
Nome: Mecânica quântica I
Ementa: Introdução aos conceitos quânticos. Observáveis. Equações de evolução. Partículas quânticas em uma dimensão. Partículas quânticas em 3 dimensões. A notação de Dirac. O oscilador harmônico em uma dimensão . O momento angular. Potenciais centrais. O átomo de hidrogênio.
Bibliografia:
Mecanica quântica, d.griffiths, Ed.Pearson Education
Quantum mechanics, c.cohen-tannoudjy, B.Diu, F.Laloc. ed John Wiley and Sons
Nome: Mecânica quântica II
Ementa: Spin do elétron. Perturbações estacionárias (casos não degenerado e degenerado). Outras aproximações estacionárias: método WKB. Perturbações dependentes do tempo. Teoria semiclássica da radiação. Teoria quântica do espalhamento. Partículas idênticas. O paradoxo de Einstein, Podolski e Rosen e a desigualdade de Bell.
Bibliografia:
Mecanica quântica, d.griffiths, Ed.Pearson Education
Quantum mechanics, c.cohen-tannoudjy, B.Diu, F.Laloc. ed John Wiley and Sons
Nome: Metodologia científica
Prof. Ana Sodero
Ementa: O programa é estruturado de forma a mostrar a evolução do pensamento científico; os tipos de conhecimento de pesquisa; a ética na ciência; a estrutura e elaboração de trabalhos científicos. Apresentar e discutir os fundamentos da metodologia científica e desenvolver no aluno a habilidade em interpretar textos científicos e desenvolver processos e textos relacionados à pesquisa científica.
Bibliografia:
Prodanov, C.C.; Freitas E.C. Metodologia do trabalho científico [recurso eletrônico] : métodos e técnicas da pesquisa e do trabalho acadêmico. 2a ed. Novo Hamburgo: Feevale, 2013
Marconi, M.A.; Lakatos, E.M. Fundamentos de metodologia científica. 5a ed. São Paulo: Atlas, 2003
Kauark, F.; Manhães, F.C.; Medeiros, C.H. Metodologia da pesquisa: guia prático. Itabuna: Via Litterarum, 2010.
Nome: Tópicos de modelagem molecular aplicados à biossistemas
Ementa: Definições e aplicações de métodos utilizados em modelagem molecular no estudo de biomoléculas, relacionando à área de desenvolvimento de fármacos. Os temas foram estruturados de forma a oferecer os fundamentos necessários para o entendimento das aplicações de modelagem molecular na área biomédica: Mecânica Molecular e Mecânica Quântica; Relação Estrutura-Atividade, SAR e QSAR; Análise Conformacional; Bancos de Dados e Recuperação da Informação; Estrutura e Modelagem de Proteínas; Docking Molecular e Triagem Virtual; Simulação por dinâmica molecular de biomoléculas; Farmacocinética e Toxicologia in silico.
Bibliografia:
Abraham, D. J. (Ed.). Burger's Medicinal Chemistry And Drug Discovery, 6th Ed., Wiley, 2003; Hinchliffe, A. Molecular modelling for beginners, 2nd Ed., Wiley, 411pp, 2008; Leach, A. R. Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd Ed., Prentice Hall, 744pp, 2001; Montanari, C. A. (Ed.), Química Medicinal: Métodos e Fundamentos em Planejamento de Fármacos, EDUSP, 720pp, 2011.; Trsic, M., Química Quântica: Fundamentos e Aplicações, Manole,172pp, 2009; Verli, H Ed. Bioinformática: da Biologia à Flexibilidade Molecular, SBBq, 282pp, 2014.
Nome: Bases biológicas e farmacêuticas para o desenvolvimento de produtos aplicados à saúde
Ementa: 1. Estrutura e funcionamento celular, 2. Vias metabólicas de absorção e excreção, 3. Princípios básicos de patologia: dano, morte e adaptação celular, inflamação, reparo tecidual (regeneração, cicatrização e fibrose), 4. Princípios básicos de farmacologia I: definições de fármacos sintéticos e biofármacos, farmacocinética e farmacodinâmica, 5. Princípios básicos de farmacologia II: mecanismo de ação dos fármacos (antibióticos, anti-inflamatórios e anti-tumorais) , 6. Planejamento de Fármacos, 7. Agentes patogênicos I: vírus (estrutura e patogênese) , 8. Agentes patogênicos II: bactérias (estrutura e patogênese) , 9. Agentes patogênicos III: parasitas (estrutura e patogênese) , 10. Bases de farmacotécnica I: macro excipientes para carreamento de fármacos , 11. Bases de farmacotécnica II: microssistemas para carreamento de fármacos , 12. Ferramentas computacionais no desenvolvimento de fármacos , 13. Desenvolvimento de novos fármacos: testes de fase clínica I, II, III e IV, estatísticas de validação , 14. Legislação nacional e internacional para registro, produção e patente de novos produtos aplicados à saúde
